1941年10月，国民政府监察院于右任院长赴西北考察，参观了莫高窟，返重庆后，撰写发《建议设立敦煌艺术学院》，发表在《文史杂志》上并多次向有关方面呼吁。

1942年，中央研究院等组织西北史地考察团，向达任考古组组长，考察了莫高窟、榆林窟、阳关、玉门关等，1943年于重庆《大公报》发表了《论敦煌千佛洞的管理研究及其它边带的几个问题》，建议将莫高窟收归国有，并设立管理、研究机构。

1943年，国民政府教育部批准设立国立敦煌艺术研究所，同时成立了筹备委员会，高一涵任主任，常书鸿任副主任。

1944年2月1日，国立敦煌艺术研究所正式成立，直属中央教育部，常书鸿任所长，共招聘员工18名，李浴、史岩、董希文、苏莹辉、潘絜兹等先后赴莫高窟工作。在工作、生活极其简陋的条件下，他们开始对敦煌石窟进行保护和研究、临摹壁画等。他们是莫高窟人的先驱者，披荆斩棘，筚路褴缕，为我国敦煌学研究事业铺就了一块基石。

国立敦煌艺术研究所，1945年6月曾一度被撤销，在常书鸿等专家学者的呼吁下，1946年5月得以恢复，改隶中央研究院，1948年从属教育部。

1949年9月28日，敦煌地区获得解放；10月，酒泉专区派员接管敦煌艺术研究所，工作人员全部被留用，常书鸿继续任所长。1950年8月，西北军政委员会文化部接管敦煌艺术研究所，1951年元月，敦煌艺术研究所直属中央文化部文物局，同时更名为敦煌文物研究所。

1966年实有职工49人，所内设二部一室。

1968年9月至1978年，所内研究工作停止，但石窟仍得以保护。

1979年甘肃省编制委员会对敦煌文物研究所职工编制核定为100人，当年实有职工65人。同年10月，中共甘肃省委规定：敦煌文物研究所实行党委领导下的所长分工负责制，内设六室一会。

1982年2月，甘肃省文化局调整敦煌文物研究所的领导班子，常书鸿为名誉所长，段文杰任所长,尹淑、樊锦诗任副所长，刘 任所党委副书记。此时职工已达110人。

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